ปากกามาร์กเกอร์ถาวรบางรุ่นเป็นแบบกันน้ำได้ ขึ้นอยู่กับหมึกและวัสดุของกล่องปากกาเป็นหลัก
โดยทั่วไป มาร์กเกอร์ที่ผสมหมึกชนิดน้ำมันพิเศษจะต้านทานน้ำได้ดีกว่า แม้เมื่อใช้ในสภาพแวดล้อมที่เปียกหรือมีฝนตก ข้อความที่เขียนจะไม่ทำให้น้ำเจือจางหรือเบลอได้ง่าย ดังนั้นสำหรับผู้ที่จำเป็นต้องใช้มาร์กเกอร์กลางแจ้งหรือในสภาพแวดล้อมที่ชื้น การเลือกมาร์กเกอร์แบบกันน้ำจึงเป็นสิ่งสำคัญมาก
นอกจากนี้ วัสดุของกล่องใส่ปากกาอาจส่งผลต่อประสิทธิภาพการกันน้ำของมาร์กเกอร์ด้วย เปลือกของมาร์กเกอร์บางตัวทำจากวัสดุโพลีเมอร์ซึ่งมีคุณสมบัติกันน้ำได้และสามารถป้องกันหมึกจากความชื้นได้อีกด้วย
อย่างไรก็ตาม ปากกามาร์กเกอร์แบบถาวรบางรุ่นอาจไม่กันน้ำได้ มาร์กเกอร์บางตัวที่ใช้หมึกแบบน้ำอาจปรากฏจางหรือเบลอเมื่อถูกน้ำ ดังนั้นเมื่อซื้อปากกามาร์กเกอร์ ผู้บริโภคควรเลือกปากกามาร์กเกอร์ที่มีฟังก์ชั่นกันน้ำได้ตามความต้องการ และตรวจสอบรายละเอียดสินค้าอย่างละเอียดหรือขอให้พนักงานร้านค้ายืนยันประสิทธิภาพการกันน้ำ
