ใช่มากที่สุดเครื่องหมายถาวรได้รับการออกแบบมาให้กันน้ำ ซึ่งหมายความว่าจะไม่ละลายหรือไหลเมื่อโดนน้ำ เนื่องจากปากกามาร์คเกอร์มีหมึกที่ออกแบบมาเพื่อยึดติดกับพื้นผิวและป้องกันน้ำและความชื้นประเภทอื่นๆ
เครื่องหมายถาวรมักใช้ติดฉลากหรือทำเครื่องหมายสิ่งของที่ต้องสัมผัสกับน้ำหรือความชื้นประเภทอื่นๆ เช่น ภาชนะพลาสติก ขวดน้ำ และอุปกรณ์กลางแจ้ง อย่างไรก็ตาม สิ่งสำคัญคือต้องทราบว่าหมึกในปากกามาร์คเกอร์ถาวรสามารถซีดจางหรือเสื่อมสภาพเมื่อเวลาผ่านไปเมื่อสัมผัสกับแสงยูวี ความร้อน หรือปัจจัยแวดล้อมอื่นๆ
นอกจากนี้ แม้ว่าปากกามาร์คเกอร์ถาวรจะทนทานต่อน้ำ แต่อาจไม่ทนทานต่อตัวทำละลายหรือสารเคมีประเภทอื่น สารเคมีหรือผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดบางชนิดอาจทำให้หมึกละลายหรือเกิดรอยเปื้อนได้ ดังนั้น ควรใช้ความระมัดระวังเมื่อใช้ปากกามาร์คเกอร์กับสารเคมีประเภทอื่นๆ
