การจำแนกประเภทของปากกามาร์กเกอร์ขึ้นอยู่กับปลายปากกา โดยทั่วไปแล้ว ปากกามาร์กเกอร์สามารถแบ่งออกเป็นปลายละเอียดและปลายกว้าง
ลายเส้นที่เกิดจากปากกามาร์กเกอร์ปลายแหลมค่อนข้างแข็งและคม โดยมีสีสม่ำเสมอ ส่วนใหญ่จะใช้เพื่อร่างและวาดรายละเอียดเล็กๆ เช่น พื้นที่ที่มีลักษณะคล้ายจุดและเส้น
ปลายปากกาของปากกามาร์กเกอร์ปลายกว้างมีลักษณะแบนและเป็นสี่เหลี่ยม ซึ่งเป็นปลายปากกาแบบคลาสสิกสำหรับปากกามาร์กเกอร์ ลายเส้นค่อนข้างนุ่มนวล สีสันสมบูรณ์และสมบูรณ์ และสามารถสร้างลวดลายที่มีพื้นผิวเป็นเม็ดเล็กๆ ได้ เนื่องจากมุมของส่วนปลายปากกามีความแปรผันมากมาย ความแปรผันของลายเส้นที่เกิดจากปลายปากกาจึงค่อนข้างมีนัยสำคัญ ส่วนใหญ่จะใช้สำหรับเติมสีและเคลือบสีบางส่วน
